Keputusan Direktur Jenderal Pendidikan Tinggi, Departemen Pendidikan Nasional Republik Indonesia Nomor: 2609/D/T/2001, tanggal 6 Agustus 2001 menjadi dasar berdirinya Program Studi Magister Akuntansi sebagai Program Studi di bawah Jurusan Akuntansi Fakultas Ekonomi dan Bisnis Universitas Trisakti. Tujuan pendirian Program Studi Magister Akuntansi adalah mengisi kebutuhan pasar tenaga kerja terhadap tenaga magister yang profesional dan accountable di bidang Akuntansi. Hal ini seiring dengan kebutuhan dari intitusi-intitusi dimana para mahasiswa Program Studi Magister Akuntansi bekerja.

Pada tahun 2005, Program Studi Magister Akuntansi memperoleh akreditasi dari Badan Akreditasi Nasional Perguruan Tinggi (BAN PT), Departemen Pendidikan Nasional, Republik Indonesia dengan peringkat “C” berdasarkan Sertifikat Akreditasi dengan nomor: 00499/Ak-IV/S2-005/UTCAKT/V/2005, tanggal 20 Mei 2005 yang berlaku selama 3 (tiga) tahun sejak tanggal ditetapkan. Peringkat akreditasi “B” diperoleh di tahun 2009, ketika Program Studi Magister Akuntansi mengajukan permohonan reakreditasi, berdasarkan surat keputusan 016/BAN-PT/Ak-VII/S2/XII/2009 tanggal 13 November tahun 2008. Pada tahun 2015 tepatnya pada tanggal 21 Februari 2015, Badan Akreditasi Nasional Perguruan Tinggi mengeluarkan kembali predikat akreditasi ”B” untuk Program Studi Magister Akuntansi FEB Universitas Trisakti dengan surat keputusan 056/SK/BAN-PT/Akred-M/II/2015. Pada Tahun 2021, MAKSI FEB USAKTI mendapatkan Akreditasi Baik Sekali melalui BANPT dengan no SK 12698/SK/BAN-PT/AK-ISK/M/XI/2021. Tahun Pada Tahun 2019 mendapatkan sertifikasi ISO9001:2015 dan mendapatkan akreditasi internasional secara penuh FIBAA (Foundation For International Business Administration Accreditation) pada tanggal 22 Maret 2023, yang diamandemen tanggal 6 Maret 2024.